他因为被卷入两大政治集团的斗争而感到不安，前途未卜，还极有可能遭遇不测；因此，他在上任之前特地回到家中告诉兄弟父母说：“此次朝廷派与我的任务凶险，有可能一去不回，你们只管明哲保身便是。”

　　马新贻到任之后，立马开始了自己的改革工作，按照慈禧太后的指示逐步将湘军中曾国藩的旧部裁撤，提拔新人到一些重要的位置上去。就在马新贻如火如荼地进行着湘军的换血工作时，意外发生了。同治九年七月二十六日，马新贻于湘军训练场参加完阅射后，打道回府，刚走到门口，有一个叫张汶祥的人从旁边突然冲出来，伪装成想要告状的样子，近身后突然抽出刀来刺入了马新贻身体，次日，马新贻因伤重不治身亡，时年四十九岁。